SNP teritorijā konstatēti 46% no Latvijas vaskulāro augu sugām, apmēram 6% sēņu sugu un aptuveni 59% no Latvijas sūnaugu sugām. Jūras piekrastes zonai – kāpām un sausajiem priežu mežiem – raksturīgas 29 augu un 222 sēņu sugas, kuras nav atrodamas citur Latvijā. No SNP sastopamajām sēņu sugām retas ir vainagotā zemeszvaigzne Geastrum quadrifidum un zarainā adatene Hericium coralloides, kas aug Slīteres Zilo kalnu pakājē. Samērā reta ir arī Kolkasraga tuvumā priežu mežos un kāpās sastopamā sēne Hadriāna zemestauki Phallus hadriani.
SNP konstatēti 42,5% no Latvijas ķērpju sugām, no kurām mūsu valstī izzūdošas ir Mužo parmēlija Parmelia mougeotii, brūnmelnā parmēlija Parmelia fuliginosa, daudzlapu umblikarija Umblicaria polyphylla
zarainā dižadatene, Hericium coralloides