Parka zīdītājdzīvnieku fauna ir Latvijai tipiska. Šeit mājo lielie plēsēji – vilks Canis lupus un Eiropas lielākais kaķu dzimtas pārstāvis – lūsis Lynx lynx. Parkā ne reti var redzēt Latvijas lielāko briežveidīgo zīdītāju – alni Alces alces. SNP dzīvo arī retas zīdītāju sugas, piemēram, meža sicista Sicista betulina un mazais susuris Muscardinus avellanarius. Jūras piekrastē uzturas Baltijas jūras izplatītākā un augumā lielākā roņu suga – pelēkais ronis Halichoerus grypus. Piekrastes ūdeņos rets ir pogainais ronis Phoca hispida. Piemērotās vietās parka teritorijā dzīvo ūdenscirslis Neomys fodiens, kurš sava slēptā dzīvesveida dēļ ir maz pētīta kukaiņēdāju suga.